植物乳植杆菌CRISPR 基因座分析
摘 要:CRISPR/Cas 系统是细菌的一种获得性免疫系统,也是合成生物学等领域的重要基因编辑技术。然而,目前人们对于乳酸菌 CRISPR/Cas 系统的解析及其应用开发依然有所不足。本研究对此前分离得到的益生菌新菌株植物乳植杆菌(Lactoplantibacillus plantarum)TCCC11824 及另外 12 株同种属益生菌的 CRISPR/Cas9 系统进行了分析。结果发现 13 株植物乳植杆菌的 CRISPR 系统类型均为 Type ⅡA 型,在 CRISPR 序列侧翼具有特征性的 Cas9 及 Cas1、 Cas2 和 Csn2。预测到 tracrRNA 位于 Cas9 与 Cas1 之间,但重复序列彼此有所不同,可以形成 5 个或 7 个碱基的稳定的二级结构。其中 8 株植物乳植杆菌 CRISPR 序列中的 spacer 序列可一共靶向 12 种噬菌体。植物乳植杆菌 Cas9蛋白识别最高效的 PAM 序列为 CC。本研究有助于了解乳酸菌进化过程中抵御外源遗传基因侵染的机制,并为其高效基因编辑系统的开发奠定基础。
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